(1)接通电源开关，PCR仪进入准备状态;在显示屏上记录了当前PCR仪的温度和盖子(Lid)的温度。若PCR仪正在运行时，须按“B”键(start/stop)，才能退出运行并返回准备状态。

(2)编写程序段。在准备状态下按“C”键(programs)进入编程状态，选定一程序号，然后按“enter”键，进入下一程序;按“A”(list)键后，选一文件号(emptyprogram);再按“enter”键，进入下一程序;按“ABC”键，进入下一程序，用上下左右键号选择一个字母(A、B、C、D、…)，然后按“enter”键，进入下一程序;按“nameok”键，完成文件命名。

(3)设定盖子的温度。“lidtemp：℃”，盖子的温度一般比变性温度要高10℃，例如变性温度是95℃，那么盖子的温度就要设定为105℃。待盖子预热后按“enter”键，进入下一程序。

(4)设定变性温度、变性时间、延伸温度、延伸时间、退火温度、退火时间及循环总数等参数。从**步依次按“enter”键进入，用四个移位键移动设定位置。先设定温度，后设定时间，全部参数设置完后，按“pgmok”键，所设定的程序自动被保存。

(5)运行程序。检查设定是否正确，按“start”键，选择设定好的程序，开始运行。显示屏上可观察到系统运行的情况，按“Stop”可停止运行。