对于冷冻干燥机的运行来说，关机停运时自然也不能马虎，也要按照正确的步骤来操作关机。

1、将冷冻干燥机的快速充气阀接嘴插入快速充气阀座，同时关“真空泵”电源开关，使空气缓缓进入冷肼；

如需充入惰性气体，则将惰性气体的减压导管连接“充气口”；

2、关闭冷冻干燥机的“真空计”、“制冷机”，如长期不用应拔掉电源线；

3、提起有机玻璃罩，将物品取出，保存，冷冻干燥结束；

4、冷肼中的冰化成水后，需将水从快速充气阀口排除，操作与充气相似；

5、清理冷肼中的水分和杂质，妥善保养设备；

6、多歧管型，应逐个关闭橡胶阀并取下冻干瓶后再重复关机操作。