冻干曲线以板层温度为依据，因为产品受板层温度支配的控制，板层温度也就控制了产品温度，设定冻干机的冻干曲线需要考虑以下因素：

产品的品种，产品不同则共熔点不同，共熔点的产品要求预冻的温度低，加热时板层的温度也相应低，要根据试验找出一个产品的冷冻速率，以获得高质量的产品和较短的冷冻干燥时间。

时间不同对残余水份的要求也不同，要求保存时间不同对残余水份的要求也不同，对冻干时间相应也不同，另外装量的多少、密器的品种、冻干机的性能等因素都直接关系到冻干曲线的制订，用户应根据冻干产品的性质，参照以往的冻干经验，设置冻干曲线。

生物制品的冻干产品，需要有一定的物理形态、均匀的颜色、合格的残余水份含量，良好的溶解性、高效的存活率、较长的保存期，因此不仅要对制作过程和冻干后的密封保存进行控制，更重要的是要对冷冻干燥过程的每一阶段的各个参数进行全面的控制，冻干曲线就是进行冷冻干燥过程控制的基本依据。所以一些价值高的，对温控要求高的样品物料需要选择合适的带有冻干曲线，数据工艺，控温精度高的冷冻干燥机。